Dans la plus pure tradition de « X-Files », l’intrigue du film est tenue secrète : elle n’est connue que de quelques dirigeants du studio et des acteurs principaux. Ce thriller surnaturel est une histoire inédite qui s’inscrit dans l’esprit des épisodes les plus marquants de la série culte, et développe encore les relations complexes entre Fox Mulder (Duchovny) et Dana Scully (Anderson) dans des directions inattendues. Face aux mystères et au paranormal, Mulder poursuit sa quête de la vérité, et Scully, médecin, femme passionnée et remarquablement intelligente, est toujours intimement liée à ces recherches.

Si Dave a un comportement étrange, c’est parce qu’il cache un petit secret. Dave est en fait un chef-d’œuvre de technologie extraterrestre, contrôlé de l’intérieur par de minuscules individus, et dont l’apparence extérieure est l’exacte réplique du Capitaine qui règne à son bord.

Chacun des membres de l’équipage s’occupe d’une partie du corps, mais coordonner l’ensemble n’est pas si facile, surtout lorsque Dave se retrouve confronté à la réalité de notre monde…

Dans la salle de contrôle miniature, chaque rencontre de Dave avec les humains provoque la panique et le désarroi. Pourtant, personne ne doit soupçonner sa véritable nature, ni découvrir sa mission sur Terre.

Pour le Capitaine et son équipage, il est temps de comprendre tout ce qui fait notre humanité et d’expérimenter les émotions qui vont avec. Attention aux dégâts et bienvenue parmi nous !

Un jeune couple en voyage de noces dans la campagne japonaise est soudainement frappé par le malheur lorsque leur voiture heurte une jeune femme. Mais si le corps de la jeune femme a disparu, ce n’est pas le cas de son esprit.

Commence alors un enfer pour Eric et Jane : des images de fantômes commencent à apparaitre sur leurs photos, puis les esprits ivres de vengeance se manifestent directement sous leurs yeux empruntant des formes les plus terrifiantes les unes que les autres.

Pour mettre fin aux morts incessantes causées par le fantôme de la jeune fille, ils doivent percer son secret. Secret qui s’avèrera être encore plus dangereux que le fantôme lui-même…